Modelele de omologie pot fi, de asemenea, utilizate pentru a identifica diferențele subtile dintre proteinele înrudite care nu au fost toate rezolvate structural . De exemplu, metoda a fost folosită pentru a identifica site-urile de legare a cationilor pe Na+/K+ ATPazei și pentru a propune ipoteze despre afinitatea de legare a diferitelor ATPaze..
Pentru ce sunt folosite modelele de omologie?
Modelarea omologiei este una dintre metodele de predicție a structurii computaționale care sunt folosite pentru a determina structura 3D a proteinei din secvența sa de aminoacizi. Este considerată a fi cea mai precisă dintre metodele de predicție a structurii computaționale. Constă din mai mulți pași care sunt simpli și ușor de aplicat.
Ce este modelarea omologiei și de ce este necesară?
Modelarea omologiei obține structura tridimensională a unei proteine țintă bazată pe asemănarea dintre secvențele șablon și țintă și această tehnică se dovedește a fi eficientă atunci când vine vorba de studiul proteinelor membranare care sunt greu de cristalizat ca GPCR, deoarece oferă un grad mai ridicat de înțelegere a …
Cum se face un model de omologie?
există mai mulți pași implicați în modelarea omologiei
- selectare șablon folosind secvența țintă. În acest scop, puteți efectua căutarea BLASTp împotriva tuturor structurilor proteice disponibile (PDB). …
- Alinierea șablonului și a secvenței țintă. …
- Calitatea modelului dvs. …
- Rafinamenta modelului dvs. în consecință.
Ce face o modelare bună de omologie?
Dacă definim un „model de omologie de mare succes” ca unul având <=2 Å rmsd din structura empirică, atunci șablonul trebuie să aibă >=60% identitate de secvență cu ținta pentru succes tarif >70%. Chiar și la identități de secvență în altă (60%-95%), până la unul din zece modele de omologie au un rmsd >5 Å vs.
