Metode bazate pe captarea conformației cromozomilor (3C) dezvăluie organizarea cromozomilor în nucleu prin determinarea proximității fizice a perechilor de puncte de-a lungul cromatinei. Acestea păstrează interacțiunile cromatinei prin reticulare urmată de fragmentare, ligatură și secvențierea regiunilor care interacționează.
Cum funcționează capturarea conformației cromozomiale?
Captură pe cip conformației cromozomului (4C) captează interacțiunile dintre un locus și toți ceilalți loci genomici. Implică o a doua etapă de ligatură, pentru a crea fragmente de ADN auto-circulare, care sunt folosite pentru a efectua PCR inversă. … Pe o singură micromatrice, pot fi analizate aproximativ un milion de interacțiuni.
Ce este captarea conformației cromatinei?
Chromatin Conformation Capture (3C) este o tehnică importantă folosită pentru a studia structura cromatinei, precum și baza pentru alte câteva tehnici derivate. … Protocolul implică reticulare cu formaldehidă a celulelor urmată de izolarea cromatinei și digestia cu o enzimă de restricție.
Cum funcționează secvențierea Hi-C?
Abordarea Hi-C extinde 3C-Seq pentru a mapa contactele cromatinei la nivelul genomului și a fost, de asemenea, aplicată pentru studiul interacțiunilor cromatinei in situ. În această metodă, complexele ADN-proteină sunt reticulate cu formaldehidă. Proba este fragmentată, iar ADN-ul este extras, ligat și digerat cu enzime de restricție.
Ce este tehnica Hi-C?
Tehnica Hi-C clasică implică digestia de restricție a unui genom reticulat cu formaldehidă cu enzime de restricție specifice secvenței, urmată de completarea și repararea capetelor digerate cu încorporarea de nucleotide legate de biotină. Capetele reparate sunt apoi religate.